El Parque Marino Tunku Abdul Rahman alberga cinco islas boscosas situadas entre tres y ocho kilómetros de la costa de Kota Kinabalu. Sus arrecifes periféricos fueron establecidos como aguas protegidas en 1974 para preservar la biodiversidad de corales de Sabah. El parque cubre 4,929 hectáreas de sustrato poco profundo en el mar de Sulu, donde los corales duros crecen en bandas a lo largo de desniveles de granito y los corales blandos pueblan los canales de arena entre las islas. Sapi y Manukan, las dos más cercanas a Jesselton Point, albergan los puntos de amarre más densos para los visitantes y los arrecifes más accesibles, con profundidades que oscilan entre los dos y doce metros sobre jardines de coral que albergan peces payaso, peces loro y meros juveniles. Los itinerarios de esnórquel de medio día en Kota Kinabalu se concentran en estas dos islas porque los cruces en ferry toman entre quince y veinte minutos, maximizando el tiempo en el agua dentro de una ventana de cuatro horas. Las salidas matutinas coinciden con las condiciones más tranquilas del parque: los vientos alisios del este disminuyen antes del mediodía y la visibilidad alcanza su punto máximo entre diez y quince metros cuando el plancton aún no ha florecido bajo el sol del mediodía. La tasa de conservación de 25 MYR por adulto internacional financia el mantenimiento de los amarres y el monitoreo de arrecifes realizado por los guardaparques de Sabah Parks estacionados en cada isla. La playa sur de Sapi ofrece el punto de entrada más superficial: una pendiente de arena que desciende gradualmente hasta los tres metros, donde los corales mesa forman mesetas sobre la arena blanca. La costa este de Manukan alberga un perfil más pronunciado, con corales cerebro y racimos de coral cuerno de ciervo que comienzan a un metro y se extienden hasta una repisa de seis metros donde bancos de peces mariposa y peces ballesta nadan cerca de los afloramientos de piedra caliza. Ambos sitios se encuentran dentro de zonas de esnórquel designadas marcadas por boyas de superficie, separando a los nadadores de los carriles de lanchas rápidas que cubren los ocho recorridos diarios en ferry del parque. Los eventos de blanqueamiento de coral en 2016 y 2020 redujeron la cobertura de coral vivo en un treinta por ciento estimado en todo el parque, pero la recuperación es visible en el crecimiento de nuevos pólipos a lo largo del arrecife norte de Manukan y la pared del canal de Sapi. Las regulaciones del parque marino prohíben anclar fuera de las zonas designadas, alimentar a los peces o recolectar conchas, con multas aplicadas por barcos patrulla que circulan por las islas cada hora. Estas protecciones han estabilizado la salud de los arrecifes desde 2022, y los estudios de biodiversidad cuentan ahora más de doscientas especies de peces asociadas a los corales en todo el complejo de cinco islas.